تشخیص مولکولی عوامل عفونی
تشخیص مولکولی عوامل عفونی
در طی سال های اخیر ، توسعه و کابرد روش های تشخیصی مولکولی در تشخیص و نظارت بر بیماری های عفونی انقلابی به پا کرده است. روش های سنتی مثل روش های فنوتیپیک (ظاهری) ، شیمیایی ، سرولوژیک و دیگر روش ها در بیشتر آزمایشگاه های معمولی برای شناسایی و تمایز باکتری ها مورد استفاده قرار میگیرند اما با توجه به عدم رشد برخی از عوامل عفونی ، این روش ها برای تشخیص تعدادی از باکتری ها بسیار دشوار یا غیرممکن است. روش های پیشرفته مولکولی میتوانند عوامل بیماریزا میکروبی را با حساسیت و دقت بالا شناسایی کنند. در نتیجه با درک درست از فرآیندهای بیماری، راه‌های جدیدی برای پیشگیری، تشخیص و درمان بیماری‌ها ایجاد میشوند.
DNA، ماکرو مولکولی است که تمام اطلاعات ژنتیکی یک موجود زنده را کد میکند. بنابراین با بررسی اطلاعات ذخیره شده در آن می‌توان به بسیاری از ویژگیهای موجود و حتی بیماری‌های ژنتیکی آن پی برد استفاده از روش های تشخیصی بر اساس DNA و روش های بر مبنای PCR که عوامل بیماریزا را مستقیما از نمونه های بالینی شناسایی میکنند و به کشت نیاز ندارند ( به حجم و مقادیر بسیار کم نمونه نیاز است) برای تشخیص سریع میکروارگانیسم های غیرقابل کشت و گمراه کننده ( سخت رشد ) مفید هستند و این باعث می‌شود حساسیت و توان انجام آزمایش بهبود پیدا کند.
علاوه بر این ، بررسی توالی DNA میکروبی تکثیر شده امکان تشخیص و شناسایی بهتر عامل بیماریزا را فراهم میکند. مشخص شده است که انواع زیرگونه ها که از طریق تکنیک های متنوعی شناسایی میشوند برای پیشبینی بیماری های ویژه ای اهمیت دارند. تشخیص مولکولی، وضعیت بیولوژیکی موجود زنده را در سطح ژنتیکی ارزیابی میکند و با مشخص نمودن کدهای ژنتیکDNA موجود زنده، تفاوت افراد مستعد ابتلا به یک بیماری را شناسایی کرده و گزینه‌های درمانی برای آنها ممکن میشوند. پیشرفت های نوظهور دیگر ، تعیین بار ویروسی و شناسایی مستقیم جهش های ژنی مسئول مقاومت دارویی میباشند که مصرف آنتی‌بیوتیک‌های غیر ضروری و با مقادیر زیاد که پزشک ناگزیر است تا دریافت نتیجه آزمایش‌های عفونت باکتریایی، آنها را برای بیمار تجویز کند را کاهش داده اند. در حال حاضرRT- PCR ضمن کمک به تشخیص سریع عامل عفونت، خطر آلودگی نمونه را نیز کاهش داده است. بعلاوه از آنجائیکه در روش های تشخیصی مولکولی، تمام مراحل در یک دستگاه انجام می‌شود به راحتی استاندارد شده و قابل حمل میباشد که این ویژگیها از مزیت‌های عمده روش‌های مولکولی میباشند و حتی تشخیص عوامل بیماریزا می‌تواند در محل بستری بیمار انجام شود.
روش‌های تشخیصی مولکولی میتوانند طول زمان دریافت آنتیبیوتیکها توسط بیماران بستری را کوتاه نموده ، ریسک افزایش مقاومت به آنتیبیوتیکها را کاهش داده و هزینه‌های بیمارستانی را به حداقل برسانند.
روش های تشخیصی مولکولی عوامل عفونی و فرآورده های آن ها بر اساس پروتکل‌های مرکز کنترل بیماری‌ها (CDC)
|
باکتری و فرآورده های آن
|
روش
|
| اکتینومایسزهای هوازی و غیر هوازی | 16S Sequencing, MALDI-TOF |
| شناسایی مولکولی آناپلاسما | RT- PCR, 16S Sequencing |
| شناسایی باسیلوس آنتراسیس در نمونه‌های بالینی و تقسیم بندی آن | PCR, RT – PCR, Genotyping (MLVA) |
| شناسایی گونه‌های مختلف باسیلوس بخصوص باسیلوس سرئوس نمونه‌های غذایی | PCR, 16S Sequencing , MALDI-TOF MLST |
|
شناسایی بارتونلا، بردتلا (گونه پرتوسیس و غیر پرتوسیس)
|
PCR, RT- PCR, MULTIPLEX – PCR, MALDI-TOF, 16S Sequencing
|
| تعیین زیرگونه‌های کلستریدیوم بوتولینوم مولد توکسین و تأیید آزمایشگاهی بوتولیسم | PFGE, PCR, MS |
| شناسایی گونه‌های مختلف بروسلا و تقسیم بندی آنها | PCR, MLVA |
| شناسایی بورخلدریا مالئی، سودومالئی و دیگر گونه‌های بورخلدریا | PCR, MALDI-TOF, 16S Sequencing , MLST, MLVA |
| شناسایی کمپیلوباکتر، هلیکوباکتر و ارگانیسم‌های مشابه | PCR, RT- PCR |
| شناسایی کلامیدیا تراکوماتیس، ترپونما پالیدوم، هموفیلوس دوکره‌ای، گاردنرلا و نایسریا گونوره‌آ در نمونه‌های بالینی | RT-PCR, SDA, TC, TMA, DKA, HPA, Hybrid Capture, MULTIPLEX PCR, PCR, Hybridization |
| شناسایی مولکولی کلامیدوفیلا نمونیه، کلامیدوفیلا سیتاس | RT-PCR |
| شناسایی کلستریدیوم دیفیسیل و کلستریدیوم پرفرنجنس | LOOP AMPLIFICATION TECHNOLOGY, MULTIPLEX REAL-TIME PCR, ISOTHERMAL AMPLIFICATION AND CHIP-BASED PCR |
| شناسایی کورینه باکتریوم دیفتری ، اولسرانس، سودوتوبرکلوزیس و دیگرگونه‌های کورینه باکتریوم | PCR, MALDI-TOF, 16S Sequencing |
| شناسایی مولکولی کوکسیلا بورنتی و ارلیشیا | RT - PCR, PCR, 16S Sequencing |
| شناسایی انتروکوکوس فکالیس و دیگر انتروکوکهای مورد نظر | PNA-BASED ASSAY, FISH |
| شناسایی اشریشیا و شیگلا | SPECIFIC VIRULENCE GENES, PNA-BASED ASSAY, FISH |
| شناسایی فرانسیسلا تولرانسیس | RT-PCR |
| شناسایی باسیل گرم منفی (غیر روده‌ای، غیر تخمیری) | MALDI-TOF, 16S Sequencing |
| شناسایی کوکوس گرم منفی (به جز عامل مولد سوزاک یا مننگوکوک) | MALDI-TOF, 16S Sequencing |
| شناسایی باسیل گرم مثبت | MALDI-TOF, 16S Sequencing |
| شناسایی هموفیلوس آنفلوانزا | RT-PCR |
| شناسایی گونه های هموفیلوس (به‌جز هموفیلوس آنفلوانزا و دوکره‌ای) | MALDI-TOF, 16S Sequencing |
| شناسایی کلبسیلا نمونیا | PNA-BASED ASSAY, FISH |
| تعیین نوع گونه‌های لژیونلا | 16S Sequencing, RT-PCR |
| تعیین ژنوم گونه‌های لپتواسپیرا | MLST, PCR |
| شناسایی مولکولی گونه‌های لپتواسپیرا | PCR |
| تعیین لیستریا مونوسیتوژنز و گونه های دیگر لیستریا | PHENOTYPIC & GENETIC IDENTIFICATION, MLVA |
| شناسایی گونه‌های موراکسلا | MALDI-TOF, 16S Sequencing |
| شناسایی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، کمپلکس مایکوباکتریوم‌های مولد سل و گونه‌های دیگر مایکوباکتریوم | TMA, 16S Sequencing, MALDI-TOF, HPA |
| شناساییگونه‌های نایسریا (به‌جز مولد سوزاک و مننگوکوک) | MALDI-TOF, 16S Sequencing |
| شناسایی و تقسیم بندی ایزوله‌های نایسریا مننژیتیدیس جداشده از بیماران | RT-PCR, MLST |
| شناسایی گونه های نوکاردیا | MALDI-TOF, 16S Sequencing |
| شناسایی مولکولی اورینتیا | RT-PCR, PCR, 16S Sequencing |
| شناسایی سودوموناس ایروژینوزا | PNA-BASED ASSAY, FISH |
| شناسایی مولکولی عوامل تنفسی (کلامیدیا، لژیونلا، مایکوپلاسما) | RT-PCR |
| شناسایی مولکولی ریکتزیا | RT-PCR, PCR, 16S Sequencing |
| شناسایی سالمونلا | PHENOTYPIC & GENETIC IDENTIFICATION, MLVA |
| تعیین زیرگونه سالمونلا | 16S Sequencing, MALDI-TOF, PHENOTYPIC TESTINGT, PNA-BASED ASSAY, FISH |
| شناسایی استافیلوکوکوس -میکروکوکوس و استافیلوکوکوس- اورئوس. تعیین زیرگونه استافیلوکوکوس و MRSAدر هنگام شیوع | 16S Sequencing , MALDI-TOF, PHENOTYPIC TESTING, MOLECULAR STRAIN TYPING, RT – PCR, NASBA |
| ارزیابی تشخیص مولکولی باکتری‌های مولد بیماری منتقله جنسی | MOLECULAR CLONING, PCR, WGS PCR |
| تضمین کیفیت بین‌المللی بیماری منتقله جنسی؛ نایسریا گونوره‌آ، کلامیدیا تراکوماتیس، مایکوپلاسما جنیتالیوم و استرپتوکوک گروه B | HPA, PNA-BASED ASSAY, FISH, RT – PCR, HPA, LOOP AMPLIFICATION TECHNOLOGY |
| جمع‌آوری، آنالیز و تفسیر پیوسته و نظام‌مند استرپتوکوک های گروه ABC | PHENOTYPIC TESTING, MOLECULAR TESTING |
| شناسایی مولکولی ترپونما پالیدوم | PCR |
| تعیین نوع مولکولی ترپونما پالیدوم | PCR, 16S Sequencing, RFLP |
| شناسایی ویبریو، ایروموناس و ارگانیسم‌های مرتبط | PHENOTYPIC & GENETIC ID |
| شناسایی یرسینیا پستیس | RT – PCR |
| شناسایی یرسینیا (به‌جز یرسینیا پستیس) و دیگر انواع انتروباکتریاسه | PHENOTYPIC & GENETIC ID |
| تعیین زیرگونه یرسینیا (به‌جز یرسینیا پستیس) و دیگر انواع انتروباکتریاسه | PFGE, LMST |
| شناسایی ژن مولد توکسین در ایزوله های بالینی شیگلا و اشرشیا | PCR, RT-PCR |
| تعیین وجود ژن های مرتبط با مقاومت دارویی | PCR , RT-PCR |
| شناسایی ژن سم کورینه باکتریوم دیفتری | RT-PCR |
| ارزیابی پاتولوژیک عفونت های سیستم عصبی مرکزی ، تنفسی و مرگ ناگهانی و غیرقابل توصیف شیرخواران مشکوک به عفونت براساس اتیولوژی عفونی محتمل | PCR , 16S Sequencing |
| شناسایی ژن مولد شوک توکسیک (TSST-1) در استافیلوکوکوس اورئوس | Sequencing, MALDI-TOF, PCR |
| وجود شاخصه های بیماری زایی در ویبریوکلرا | PCR |
